本所水質檢驗室除了檢驗分析土壤及地下水外，亦包括海域、河川及底泥，水質檢驗室於民國88年6月通過環保署環檢所(現環境部國家環境研究院)評鑑，取得「水質水量檢測類」許可，其後陸續於民國92年10月取得「地下水檢測類」許可、民國103年6月取得「土壤檢測類」及「底泥檢測類」許可。

 本所水質檢驗室為環境部國家環境研究院(前環保署環檢所)第091號認證實驗室，共計取得包含四大檢測類別、27項許可檢驗方法，以及96項許可檢驗項目，可提供測試、採樣、檢驗、驗證和專業環境技術顧問諮詢：

• 水質調查、採樣和分析(包括地面水、地下水、海水、工業用水、廢水)
• 土壤與底質底泥調查、採樣和分析
• 環境數據品質管理
• 技術建立及顧問諮詢

 檢測項目包括

• 水中氫離子濃度指數(pH值)、水溫、導電度、鹽度、溶氧量、濁度、透明度、氧化還原電位、自由餘氯及總餘氯、懸浮固體物、總溶解固體物、生化需氧量、化學需氧量、含高鹵離子化學需氧量、總鉻、六價鉻、陰離子界面活性劑、矽酸鹽、氟鹽、硫酸鹽、氯鹽、氨氮、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、正磷酸鹽、總磷、酚類、葉綠素a。
• 金屬與微量元素(銅、鎘、鉛、鋅、鉻、鐵、錳、銦、鉬)、大腸桿菌群、總菌落數、砷、汞、硒、油脂、礦物性油脂、硼、總硬度。
• 土壤及底泥粒徑分析、土壤重金屬(銅、鎘、鉛、鋅、鉻、砷、汞、鎳)、底泥重金屬(銅、鎘、鉛、鋅、鉻、砷、汞、鎳)。
• 事業放流水採樣(不含自動混樣採水設備)、地下水採樣、土壤中重金屬污染物採樣。