奠基立本

• 1949年經濟部中央水利實驗處將儀器設備從南京移送來台，隔年與國立台大農業工程系及台灣省立工學院土木工程系合作，於南北兩處設立水工試驗室。
• 臺南水工試驗室成立於土木系館南方一建築，由倪超教授兼任主任。

• 倪超教授構建了中央部門與土木系／水利系的建教合作模式，也確立了水工所以海工試驗為導向此一研究方向。
• 提供教學與實習，以及實驗課程。

承先啟後

• 倪超教授奠定了水工所的發展架構，繼任者水利系湯麟武教授著重人才培育，並深化水利系及水工所的研究能量，厚植臺灣水利海洋工程領域。被尊稱為「台灣海岸工程之父」。

繼往開來

• 水利系黃煌煇教授於1981~2011年兼任水工所長，承接前人的奠基，將水工所編制與規模擴充為世界級。
• 水工試驗所規模變得龐大後，1995年在當時工學院院長李克讓建議下，水工試驗所提升為學校的一級單位。

水工試驗所的擴建

• 1993年馬哲儒校長將安南校區作為學校研究中心的據點，並撥給水工試驗所使用。由水工所自行籌費完成大樓及試驗場設備。

• 1998年水工模型試驗場落成，行政院院長蕭萬長院長親自出席落成典禮。
• 2000年進駐安南校區的研究總中心大樓，逐漸發展成現今規模。

從1960 年代

配合省政府進行台灣西部沿海海埔地開發調查，1970 年代，配合台灣十大建設興建港口堤岸設施所需調查、海岸波浪分析評估，火力發電廠進水口漂沙研究，從模型試驗、數值運算到現場調查，讓水工試驗的觸角由室內探向戶外。1980 年代，興建核能電廠所產生的溫排水對於海洋生態影響評估、海嘯及暴潮影響評估、防淤改善研究，以及台灣沿海地區河口及海岸地形變動、工業區放流水對於海域生態環境影響評估。

1990 年代初期

本所接受經濟部工業局委託執行「彰化濱海工業區整體規劃調查研究」、「雲林縣離島式基礎工業區整體開發規劃調查分析」兩大長期執行的研究計畫案，為本所能夠邁向今日發展規模的里程碑。同時在行政院環保署設立後，連續接受環保署各項水質、環境生態調查研究，以及行政院農委會對於包括嘉南地區地下水及地層下陷調查，台塑六輕建廠前後各類環境生態影響評估。這些大計畫案讓本所完全走向自籌財源，甚至成為成大校務基金的聚寶盆。1998 年在安南校區興建了國際級大型平面試驗水池及大型斷面試驗水槽，正式將本所提升至國際級的研究機構。

進人21 世紀後

承接的計畫除了延續性的調查研究或監測分析之外，也包括重要海岸開發的水工模型試驗、海岸保護相關研究計畫、海域環境品質監測計畫、推動工業區土壤及地下水採樣監測調查計畫、養殖業水資源管控計畫、地下水觀測站網建置及觀測計畫，地層下陷潛勢分析與警示計畫、知識型水利產業技術開發計畫、離岸風力發電計畫可行性研究等等。