台灣為海洋國家，四面環海，海洋環境依照水深、水文與地理位置條件產生不同之生物棲地，因此孕育多樣化的海域生態系。近年來本所配合國內淨煤減碳及能源轉型相關之海岸工程開發計畫案，積極發展水域生態調查之研究能量與技術平台。團隊夥伴能上山也下海，環顧全台，踏勘過河川、湖泊、河口、濕地、沙岸潮間帶、岩岸潮間帶、與沿海亞潮帶，累積寶貴經驗，結合科學分析，紀錄下寶島美麗之四季生態變化。

利用本所傳統環境調查已建立的全台各地漁船團隊，因地制宜，能立即配合執行不同海域的生態調查任務。我們具備國內海洋生態評估技術規範所需之檢測項目，包括浮游植物、浮游動物、底棲生物、等魚類等生物之採樣與鑑定工作。此外，學術上於逆境生理分析、分子生物技術與生態指標模式研究上亦投入發表新穎的成果。