台灣本島正屬海島型國家，豐富的海岸地形和遼闊的海水造就了得天獨厚的海洋環境。然海洋寬闊浩瀚，容納百千河流；其海水的化學成分繁多且受到很多環境、外在等因素影響，因此定期的監測海域水質能讓我們瞭解周遭海域環境現況。本所投入國內沿近海長期的水質監測及蒐整公開計畫報告中地面水(河川、河口、海域)水質資料，藉由對區域空間及歷年監測資料的統計分析，可以評量開發單位與政府部門於環境保護施政作為之成效，甚而提供法規政策研訂之參據，並提供環境水質變異預警功能，預防水質惡化。