環境條件綜整分別更新潮位、海域地形、岸線變化以及蚵架位置等來做為數值模式的輸入條件。

 海域水動力模式中考量引致流速及水位變化的驅使力有水位梯度變化、底床摩擦力及紊流擾動。計算時以實測的潮汐水位變化作為邊界條件 (boundary condition)，利用雙掃法 (Alternating Direction Implicit, ADI) 進行求解，率定的參數有渦動粘性係數及Chezy數，陸地與開放外海處則採用無滑移及開放邊界條件，更多模式基礎理論詳見 Leendertse (1967)。

 粒子軌跡模式使用之粒子軌跡模式(PTM)包含粒子軌跡追蹤模式 (Forward Particle Tracking Model, FPTM)與粒子回溯軌跡模式(Backward Particle Tracking Model, BPTM)。粒子軌跡模式之計算概念係物理學上的位移，係給定粒子初始位置，配合上流速資料，即可計算最後可能的位置與過程中移動之軌跡變化。

• 根據研究成果研判牡蠣苗種源位置來自於外傘頂洲內側海域蚵架以及雲林沿海沙洲內側海域蚵架，模式模擬時係以此區位作為牡蠣產卵的初始位置(如圖)。
• 當牡蠣生殖腺指數連續下降時，研判牡蠣已開始產卵。並據2019年現地的牡蠣生殖腺指數調查成果，研判雲嘉近岸海域的牡蠣開始產卵時間，而模式假設為連續排放12小時。
• 因牡蠣幼生於海域中漂移僅約有2~3星期的壽命，因此模式模擬牡蠣產卵後，牡蠣幼生隨海流漂移16天的軌跡。
• 牡蠣產卵後第1-14天時，牡蠣幼生是完全受到海流影響而進行漂移運動(passive transport)。最後2天計算時，導入牡蠣眼點幼生之運動行為，包含考慮其向光性與適性傳輸現象，也就是牡蠣幼生僅在「白天+漲潮」時會進行浮沉方向的移動。